画像解析

さて，いよいよNIH-Imageによる面積測定に移る。

セッティング〜キャリブレーション

画像の大きさを表現する方法は一般的に「PIXEL」だが，後々具体的なデータを示すときには「SI単位系」で表現するので，長さのキャリブレーションを行う必要がある。画像入力時の注意で取り込んだマイクロメータを測定する。スケールを設定する前に線選択ツールを使って既知の距離に対応する直線のライン選択を行う。それから 「Set Scale 」ダイアログボックスを呼び出し、Units ポップアップメニューから測定単位を選び、そして Actual Distance に既知の距離を入力する。

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セッティング〜測定内容

コマンド「Analyze-Measure」での測定方法には，様々な要素が含まれている。ユーザはその中から最適なものを選択して測定を行う。メニュー「Analyze-Option」を選択後，面積を測定する場合は「Area」のをオン，その面積の中にある空胞も面積にいれる場合は「Include Interior Holes 」のをオンにする。「Max Measurements 」は、Measurement コマンドによって作成された結果を保持する配列の大きさを指定する。変更が影響を与えるには Record Preferences コマンドを行い Quit して Image を再起動しなくてはならない。

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画像の二値化

グレースケール画像のままでは測定が行えないので，グレースケール画像を二値化（白黒）画像に変換するために「Make Binary」コマンドを使用する。このコマンドによって「ある」「なし」の，つまり「白黒」画像になる。画像の抽出を行っているので「密度スライス（density slice）」または 「Threshold」コマンドを使用し，「LUT」パレットを調整し，最適な位置でとめる。

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測定コマンド

メニュー「Analyze-Measure」で「セッティング〜測定内容」で選択した測定が行われる。また，「Analyze Particles」 を行うと，二値化画像か Threshold された画像のオブジェクトを自動的にカウント、測定する。

メニュー「Show Results」で現在の結果の表を見る事ができる。測定値を Excel 、 StatView 、 KaleidaGraph などの多くの Mac プログラムによって開くことのできるタブ区切りテキストファイルにセーブするには Export コマンドを使う（ Results ウィンドウがアクティブなら command-S ）。

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測定結果のコピー

クリップボードへコピーするにはResults ウィンドウをアクティブな状態にして， Copy （command-C）を使う。

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測定結果のExcelの表へペースト

あらかじめ，Excelで「列」毎の「行」の集計フォームを作成しておく。下に示したフォームは，「E列」の「E6〜E20」を「E5」に集計したところである。Copyしたデータは，Excelの表でペースとすると，１列の行にペーストされる。測定結果は測定対象物のエッジにある細かい物体の面積をも測定するため，得られるデータは２〜３００個ぐらいになる場合があり，それらを考慮して集計フォームを作成する。

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