ハードウェア
最近のマッキントッシュならば全て動作可能である。最低条件では,システムが使用するメモリのほかに2MバイトあればCPUがモトローラMC68000から動作可能である。ミクロトームや共焦点顕微鏡で得られた薄切像を使用した三次元画像解析では,16Mバイト以上のメモリ+PowerPCプロセッサがあった方がいいだろう。近年メモリの価格は低下しているので,この際入手しておいた方が良いと思う。(当研究室ではPower Macintosh 8100/80AV, 106MバイトRAM)具体的には以下の表を参照して欲しい。
コンピュータ本体
ビデオ入力(NTSC法)で入力するためには,本体にVIDEO入力端子が必要。
コンピュータ本体 |
CPU:68030 25MHz以上,メモリ8Mバイト以上,ハードディスク250Mバイト以上 (可能ならばCPU:Power PC,メモリ16Mバイト,ハードディスク500Mバイト以上) |
モニター
モニタ |
17インチ・マルチスキャンモニタ(14インチでも可) |
その他
その他のハード |
バックアップ用MOドライブ,タブレット,ビデオカード |
画像入力
画像入力機器 |
フィルムスキャナ,デジタル/アナログビデオカメラ,フラットベッドスキャナ |
・バックアップ用MOドライブ:取り込んだ画像は膨大な量になるので,画像解析を行った画像はハードディスクに置いとかず,MOやCDに別に保存しておいた方がよいだろう。ハードディスクのフラグメンテーションを防止する上でも有効である。
・フィルムスキャナ・フラットベッドスキャナ:ポジはデジタル/アナログカメラ等よりもダイナミックレンジがたいへん広く,色彩やコントラストが非常に良いが,大量画像入力には不向。
・デジタル/アナログビデオカメラ:大量画像入力にはこれを使用するほかない。が,ギムザ染色等の色濃度が高いものは苦手。
大量画像の入力法は得意。
・タブレット:解析の際,細胞などをトレースするときに必要。マウスでは難しい曲線を描く事が可能。
・ビデオカード:高解像度のモニタを使用する際,画面の書き換えの能力はCPUよりもむしろビデオカードの性能にかかってくる。多数の画像を使用するときにはぜひ手に入れたい。
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ソフトウェア
画像解析を行うには以下のソフトウェアを用途別に使い分けて使用している。画像処理ソフトは高価なものが多いなか,優れたフリー/シェアウェアのソフトが多数あるのでそれを使用してもかまわない。これらのソフトはInfo Macから無料でダウンロード出来る。代表的なFTPソフトのAnarchieやFetchには,あらかじめbook markに登録してあるので,比較的楽に行える。もちろん, Netscape Navigatorでも可能である。(原則的にFTPは,最も近い場所のミラーサイトからダウンロードするのがエチケットである。国内ではKDDやSo-NetにInfo Mac ミラーサイトがある)最近はマック専門誌のCD-ROMに添付されていたり,パシフィックハイテック社から発売されているInfo MacアーカイブをCD-ROMに収録したものも販売されている。
用途 |
いつ使用するか? |
市販ソフトウェア |
フリー/シェアウェア |
画像処理 |
画像入力,色調,コントラストを変える,ビデオインターレースを消去する,画像フォーマットの変更など様々。 |
Adobe Photoshop |
GraphicConverter等 |
画像解析 |
画像解析一般 |
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NIH-Image |
画像データベース |
画像を一覧表示し,コメントなどを書き加える。 |
BILLETE,Kudo Image Browserなど |
Q-Pict等 |
表計算ソフト |
得られたデータの集計や統計計算 |
Excel |
Mariner-J等 |
画像入力ソフト
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ビデオ入力時に必要 |
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Plug-in Digitizer |
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NIH-Imageの入手
最新のNIH-Imageは,下記の場所からFTPで無料でダウンロード出来る。どのバーションが最新なのかはこちらを参照して欲しい。ファイルはBin-hexでテキスト化されており,デコード&解凍にはStuffIt Expanderが必要である。最近のNIH-Imageは,68000ベースのもの,PowerPC最適化のもの,Fatのものがあるので,各自の環境に適応したものをダウンロードする。
その他のソフトウェアの入手
本文中で使用したフリーウェア,シェアウェアを各info-macミラーサイトからダウンロードします。(最終確認は1998年1月7日です。もしエラーでダウンロード出来ない場合は「上位ディレクトリを表示」をクリックしてみてください)
Plug-in Digitizer(大阪大学info-macミラーサイト:上位ディレクトリを表示)
Q-Pict(大阪大学info-macミラーサイト:上位ディレクトリを表示)
GraphicConverter(大阪大学info-macミラーサイト:上位ディレクトリを表示)
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