潰瘍性大腸炎やクローン病などは全国的にも増加の一途を辿っている指定難病である。当科は日本炎症性腸疾患学会認定の指導医2 名を擁し、炎症性腸疾患診療における指導施設にも認定された。難治性の炎症性腸疾患に対しては低分子化合物や生物学的製剤といったAdvanced Therapy（ADT）による治療介入を実践している。またクローン病の小腸病変のモニタリングにおいて各種バイオマーカーや小腸カプセル内視鏡検査、バルーン小腸内視鏡検査を積極的に行いより緻密な治療介入を提供している。
内科治療抵抗例や外科治療介入が必要な場合は、消化器外科のみならず、杏林大学炎症性腸疾患包括医療センターと連携している。